Zur Umsetzung der Hygieneanforderungen gibt es speziell für Fleischdirektvermarkter, ein Handbuch zur Eigenkontrolle. Dieses Handbuch umfasst alle wichtigen Anforderungen bezügliche Räume, Ausstattung, Reinigung, Desinfektion, Schädlingsbekämpfung, Arbeitshygiene, Untersuchungspflichten, Aufzeichnungspflichten und Gesundheit und es basiert auf der vom Gesundheitsministerium veröffentlichten Leitlinie für die Schlachtung, Zerlegung und Verarbeitung von Rind, Schwein, Schaf, Ziege und Pferd. Jeder Fleischdirektvermarkter soll dieses Handbuch entsprechend der Ausführungen am eigenen Betrieb ausfüllen und allenfalls für Kontrollen griffbereit haben.